清廷四品带刀侍卫马龙在官场失势，转而投到理藩院任职；背叛师父投靠敌人的王显落草为寇，无恶不作；吕四娘再度隐居避难。利欲熏心的马龙，为获得高官厚禄，不惜民族分裂疆士破碎，而效力于准噶尔部阿睦那撒亲王，参与其阴谋判乱，并受亲王派遗秘密护送联合东西蒙叛乱的“血密函”。乾隆皇帝有所觉察后，派重臣纳兰文德出京察访，却被王显一伙拦劫在山路上，幸得路过此地的吕四娘的阻止。不久，他们又在西瓜地里伏击了马龙一行，混战中，马龙抱着装有密函的宝匣只身逃走，并在当晚投宿到圆通寺。就在第二天清晨马龙准备离去时，被在此寺出家为僧的马师傅海空法师发现，为清理门户，海空法师与马龙展开一场恶斗。这时，仇英和吻妹及时赶来，他们打落马龙身上的宝匣，发现了密函。王显赶到，也被仇英和吻妹打得落荒而逃。马龙追上王显，要与他联手对付仇英和吻妹。受阿睦那撒亲王委派，暗中监视马龙的恶僧凌云子出现在马龙面前，当得知密函遗失后，马上追踪海空法师到沙漠上，两人展开了厮杀。吕四娘已暗中跟踪凌云子多时，关键时刻吕四娘突然出现，一举挫败了凌云子，救出海空法师，并与凌云子约定在千山一决胜负。仇英和吻妹为解开“密函”之谜，来到汤根庙找葛根大喇嘛。葛根大喇嘛解译密函后，劝仇英和吻妹将密函送往京师，报效国家。二人到千山找吕四娘，为维护祖国统一大业，吕四娘不计个人恩怨，命仇英和吻妹将血密函交给纳兰文德带回京师。同时，吕四娘在紫霞观设下“九宫八卦阵”，以逸待劳，在千山绝顶奕棋待敌。王显、马龙、凌云子先后来到千山，使出浑身解数也没逃出吕四娘之手。吕四娘与仇英、吻妹骑马而去。

天堂资源网友评论：我这个人看东西比较随缘，神龙剑侠吕四娘[电影解说] 刚开始我还在观望，但是每次快要好看起来，又马上泄气。这一点真的挺影响观感，不是完全不能看，但真谈不上好。